Docker อธิบายถึงวิธีการจัดระเบียบไฟล์และซอร์สโค้ดเมื่อต้องการให้ AI Agent ทำงานภายในสภาพแวดล้อมที่จำลองขึ้น (Sandbox) โดยมี 3 รูปแบบหลัก ได้แก่ การ Mount จาก Host โดยตรงซึ่งเหมาะกับการทำงานร่วมกันแบบเรียลไทม์, การใช้ Git Worktree เพื่อแยกงานแต่ละส่วนออกจากกัน และ Clone Mode ที่ให้เอเจนต์ทำงานในโปรเจกต์แยกอิสระ
การเลือกรูปแบบที่เหมาะสมขึ้นอยู่กับระดับความอิสระที่ต้องการให้เอเจนต์ หากต้องการให้เอเจนต์ดูแลทั้งโปรเจกต์ การใช้ Mountless Sandbox หรือ Clone Mode จะช่วยให้เอเจนต์สามารถจัดการ Git และ Dependencies ได้โดยไม่กระทบกับไฟล์บนเครื่อง Host ของนักพัฒนา ในขณะที่การ Mount แบบปกติจะช่วยให้นักพัฒนาเห็นการเปลี่ยนแปลงของโค้ดใน Editor ทันทีที่เอเจนต์แก้ไข