ในขณะที่การผลิตไฮโดรเจนสะอาดในปัจจุบันยังมีต้นทุนสูง ล่าสุดมีความเคลื่อนไหวสำคัญในวงการ 'Geologic Hydrogen' หรือไฮโดรเจนที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติใต้ผิวโลก นักวิจัยและบริษัทพลังงานกำลังมุ่งเป้าไปที่พื้นที่ที่มีหินที่อุดมด้วยธาตุเหล็กซึ่งสามารถทำปฏิกิริยากับน้ำแล้วเกิดเป็นก๊าซไฮโดรเจน เช่น พื้นที่ในแถบมิดเวสต์ของสหรัฐฯ และบางส่วนในออสเตรเลีย
เทคโนโลยีใหม่ที่กำลังถูกพัฒนาไม่ได้มีแค่การขุดหาตามธรรมชาติเท่านั้น แต่ยังรวมถึง 'Stimulated Geologic Hydrogen' ซึ่งเป็นการฉีดน้ำหรือตัวเร่งปฏิกิริยาลงไปในชั้นหินเพื่อกระตุ้นให้เกิดปฏิกิริยาสร้างไฮโดรเจนขึ้นมาใหม่ บริษัทอย่าง Koloma และ HyTerra กำลังเป็นผู้นำในการระดมทุนและสำรวจพื้นที่เหล่านี้ แม้ว่ายังมีความท้าทายเรื่องการกักเก็บและการขนส่งไฮโดรเจนที่มีน้ำหนักโมเลกุลต่ำและรั่วไหลได้ง่ายก็ตาม
